Andalucía presenta en Túnez su modelo pionero de vigilancia genómica de enfermedades infecciosas

SEVILLA/TÚNEZ 26 Sep. (EUROPA PRESS) -

La Consejería de Presidencia, Sanidad y Emergencias de la Junta de Andalucía presenta en el dieciseisavo Congreso Global de Identificación Microbiana (GMI16), que se celebra en Túnez los días 24 y 25 de septiembre, la experiencia de Sistema Integrado de Epidemiología Genómica de Andalucía (Siega), una plataforma de vigilancia de enfermedades infecciosas basada en la secuenciación del genoma completo que Andalucía desarrolla desde 2020 y que actualmente cuenta con más de 11.600 secuencias propias.

La plataforma, impulsada por la Secretaría General de Salud Pública y Promoción de Salud, integra en la actualidad 11.681 secuencias genómicas, correspondientes a once patógenos y otros agentes objeto de vigilancia, entre los que se encuentran bacterias causantes de enfermedades de transmisión alimentaria, como Salmonella, Listeria y Campylobacter; agentes ambientales como Legionella, y patógenos de relevancia clínica como Mycobacterium tuberculosis. Siega incorpora también la vigilancia del VIH, con más de 7.400 secuencias recogidas desde 2012, según ha concretado el Gobierno andaluz en una nota.

A estas secuencias se suman las aportadas por los dominios de la Generalitat de Catalunya y la Generalitat Valenciana, así como por la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición (Aesan), lo que sitúa por encima de 12.800 el número de secuencias integradas en la red conjunta.

La secuenciación del genoma completo permite, al comparar cientos o miles de genes de cada cepa --el número varía según el patógeno--, determinar con precisión milimétrica si dos bacterias son idénticas o prácticamente idénticas, lo que indica una cadena de transmisión activa, o si simplemente pertenecen al mismo serotipo sin relación epidemiológica. De este modo, puede contribuir a identificar agrupaciones de casos que no resultan evidentes mediante los sistemas tradicionales de vigilancia.

En contexto, Siega aplica una técnica basada en la tipificación multilocus del genoma central denominada cgMLST, --en inglés 'core genome Multilocus Sequence Typing'--. Así, el sistema emite alertas cuando identifica grupos de cepas genómicamente idénticas o muy próximas entre sí, "aportando una señal que puede orientar la investigación epidemiológica de un posible brote".

Bajo el enfoque 'One Health' (Una sola salud), este modelo permite, por ejemplo, detectar una posible relación entre un caso clínico humano y una fuente animal o alimentaria, como una explotación ganadera, un producto distribuido en el mercado o un lote de alimentos. La incorporación de la información genómica "facilita así la investigación de los brotes y el establecimiento de vínculos epidemiológicos con mayor rapidez".

Siega nació como proyecto piloto en Andalucía en 2019 y comenzó su funcionamiento operativo en 2020. Su modelo se basa en una plataforma compartida que permite disponer de dominios independientes para cada organismo participante, de manera que cada entidad mantiene el control sobre sus propios datos.

La Generalitat de Catalunya, a través del Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries (IRTA), activó su dominio en 2024 y ya contribuye con más de 600 secuencias. La Comunitat Valenciana se incorporó en 2025 y cuenta con más de 570 secuencias. En 2026, la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición (Aesan) ha activado su propio dominio para la vigilancia genómica en el ámbito alimentario a escala nacional.

De este modo, el modelo desarrollado inicialmente por Andalucía se ha extendido a tres comunidades autónomas --Andalucía, Cataluña y Comunitat Valenciana-- y a Aesan, que utiliza la plataforma en el ámbito de la vigilancia genómica relacionada con la seguridad alimentaria a escala nacional.

El sistema se articula sobre un modelo de plataforma compartida con soberanía de los datos. Cada organismo integrado dispone de su propio espacio y mantiene el control sobre la visibilidad de sus secuencias, mientras que las alertas pueden cruzar los distintos dominios sin necesidad de compartir los datos brutos. Esta configuración "permite preservar la autonomía de cada participante y, al mismo tiempo, facilitar la detección de posibles brotes que afecten a distintos territorios".

La experiencia de Siega se presenta en el GMI16, congreso internacional de identificación microbiana organizado por la iniciativa Global Microbial Identifier, que reúne a organismos y centros de referencia de distintos países y cuenta con la participación de instituciones como la Administración de Alimentos y Medicamentos de Estados Unidos (FDA), los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA), el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) y la Organización Mundial de la Salud (OMS).

La ponencia, titulada 'Secuenciación del genoma completo: Siega, la experiencia andaluza. Del ámbito local al ámbito nacional", aborda la arquitectura del sistema, su evolución numérica, el modelo One Health que integra datos de origen humano, animal y alimentario en una misma plataforma, y los retos pendientes del campo, la participación del sector privado, la interoperabilidad con sistemas europeos y la búsqueda de metodologías estandarizadas para la definición reproducible de brotes.