Innova.- La plataforma 'Ibercivis' de la UZ permite un hallazgo que agilizará el diseño de fármacos diana

ZARAGOZA 14 May. (EUROPA PRESS) -

La potencia de cálculo de la plataforma de computación ciudadana 'Ibercivis', que gestiona el Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) de la Universidad de Zaragoza, ha logrado un hallazgo que agilizará el diseño de fármacos diana.

En concreto, investigadores del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) han identificado un nuevo estado estable de la alanina, el segundo aminoácido más frecuente en las proteínas.

Este logro permitirá avanzar en el conocimiento de la estructura terciaria de las proteínas, necesario para diseñar fármacos diana que actúen sólo sobre determinadas estructuras moleculares, según ha informado la Universidad de Zaragoza.

Los investigadores han simulado diferentes formaciones o estados que podría tener un aminoácido en un medio acuoso, similar al del cuerpo humano. La simulación de un solo estado ocupa alrededor de 75 horas en un ordenador doméstico.

Por ello, en esta ocasión, los cálculos se han realizado gracias al proyecto 'Ibercivis', en el que ordenadores voluntarios realizan fragmentos de estas simulaciones. Durante varios meses, más de 2.000 ordenadores personales han colaborado y permitido acelerar el proceso de 20.000 segmentos de cálculo.

Con esas simulaciones se puede averiguar el estado del aminoácido y, por tanto, conocer si es capaz de conformar proteínas. Hoy en día es muy elevado el número de proteínas de las que se conoce su cadena de aminoácidos, pero sólo se ha determinado la estructura terciaria de la proteína --responsable última de su función biológica-- de un pequeño porcentaje de las mismas, conocer todos los estados posibles de cada aminoácido supone un paso más en la resolución del puzle.

De este modo, los investigadores han sido capaces de caracterizar un nuevo estado estable de la alanina que, al ser comparado con datos del Banco de Datos de Proteínas, explicaba estructuras proteicas ya resueltas y permitía "acercarse más a las que aún quedan por descifrar".

NUEVOS FÁRMACOS DIANA

El investigador del CSIC, Javier Ramos, ha recordado que hay proteínas muy difíciles de analizar con las técnicas actuales, "como la cubierta de los virus, las proteínas amiloideas o los neuropéptidos".

Por ello, en su opinión, "conocer los posibles estados de los aminoácidos que las componen nos ayudará a hacernos una mejor idea de estas estructuras terciarias, algo necesario si se quiere diseñar fármacos diana que actúen sólo sobre determinadas estructuras moleculares".

Existen 20 aminoácidos diferentes, divididos en cuatro grupos, aunque algunos son más comunes que otros, se encadenan según una secuencia codificada en los genes y que recibe el nombre de estructura primaria. La alanina es uno de estos aminoácidos.

A su vez, esta secuencia se pliega dando lugar a la estructura tridimensional de la proteína, donde se pueden identificar subestructuras compuestas por un pequeño número de aminoácidos, lo que se conocen como estructuras secundarias. Estas subestructuras se acoplan entre sí y dan lugar a la estructura terciaria de la proteína, responsable de su función biológica.

17.000 USUARIOS

Ibercivis, liderado por el Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos de la Universidad de Zaragoza, es una plataforma de computación ciudadana basada en 'software' libre que permite a la sociedad participar en la investigación científica de forma directa mediante la cesión de la capacidad de cálculo de sus ordenadores personales en los momentos en que estén inactivos.

Para ello, sólo es necesario registrarse en 'www.ibercivis.es' y descargarse la aplicación BOINC. A partir de ese momento, cuando el ordenador esté encendido pero no en uso, el sistema solicita de Ibercivis trabajos para realizar.

Hasta el momento, el proyecto cuenta con más de 17.000 usuarios registrados y es usado por investigadores de Portugal, Argentina, México y España. En el proyecto participan el CSIC, el Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas, la Universidad Complutense, la Universidad de Extremadura, el Proyecto ITACA de la Generalitat Valenciana y RedIRIS.