La UMU crea un programa gratuito para calcular las propiedades hidrodinámicas de macromoléculas en disolución

MURCIA 16 Jun. (EUROPA PRESS) -

El Grupo de Investigación de Polímeros, del departamento de Química Física Macromolecular de la Universidad de Murcia (UMU), ha desarrollado un aplicación de software gratuito que permite calcular y predecir la dinámica de grandes moléculas, como el ADN, en disolución.

El software diseñado por el equipo de investigación, sencillo de utilizar y de libre acceso, ha sido objeto de un artículo en la revista 'Journal of Chemical Theory and Computation' (JCTC), donde se resumen las claves para utilizar dicho software, mostrando su aplicación para el estudio de coeficientes de sedimentación de moléculas de ADN de elevado peso molecular.

El modelo que emplea el programa para el cálculo de la dinámica global de macromoléculas flexibles es el de "cadenas de bolas unidas por distintos tipos de muelles" el cual representa un conjunto de átomos de la macromolécula, según informan fuentes del departamento de Promoción de la Investigación de la UMU (Prinum), dependiente del Vicerrectorado de Investigación.

De esta forma, es capaz de simular la conformación y dinámica de un modelo macromolecular utilizando las técnicas de 'Monte Carlo de Cuerpo Rígido' y de dinámica 'browniana', tan solo suministrando al programa la información necesaria para su ejecución, como los parámetros de las fuerzas y potenciales, conectividad de la molécula, posiciones iniciales, entre otras cosas.

La utilización de este método de simulación, desarrollado por los investigadores J. García de la Torre, A. Ortega, D. Amorós, R. Rodríguez Schmidt y J.G. Hernández Cifre, ha permitido calcular el coeficiente de sedimentación en equilibrio de cadenas de ADN de diferente longitud, desde 20 a 60.000 pares de base, lo que supone un rango amplio de pesos moleculares.

Los resultados de simulación concuerdan perfectamente con diversos datos experimentales, por lo que el grupo resalta la utilidad del modelo para describir propiedades en disolución de macromoléculas con diferente grado de flexibilidad. El software y sus manuales son perfectamente accesibles desde la página web del grupo.