Desenvolupen una ferramenta que estudia el genoma de bacteris individuals amb els seus virus infecciosos associats

   VALÈNCIA, 28 Nov. (EUROPA PRESS) -

   Personal investigador de l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio), centre mixt de la Universitat de València (UV) i del Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC), ha desenvolupat CleanBar, una eina bioinformàtica per a analitzar les seqüències d'ADN de mostres complexes des de la perspectiva de les cèl·lules individuals.

    El treball, dirigit per Maria Dzunkova i publicat en la revista ISME Communications, s'enfoca a observar com els fagos --virus de bacteris, sovint utilitzats per a combatre bacteris patògens multirresistents-- es multipliquen dins de cada cèl·lula bacteriana i revela que les infeccions no són uniformes en totes les cèl·lules.

   "Aplicada a l'estudi de les infeccions pels virus, oferix una finestra directa per a observar com estes es propaguen en cada cèl·lula, quantes còpies produïxen i com varia la infecció entre diferents bacteris d'una mateixa població", ha explicat Vicente Arnau, programador de l'aplicació, investigador de l'I2SysBio i professor del Departament d'Informàtica de la UV.

   La seqüenciació de cèl·lula única és una tecnologia que permet analitzar el material genètic de cèl·lules individuals, en contrast amb la seqüenciació tradicional que analitza una mitjana de moltes cèl·lules d'un teixit o d'una mostra. Esta tècnica permet desentranyar l'heterogeneïtat cel·lular, identificar tipus cel·lulars complexos i entendre diferències subtils entre cèl·lules.

   CleanBar és una aplicació de codi obert, "fàcil d'instal·lar i que permet analitzar fitxers de seqüenciació de grandàries variables, des de milers a milions de seqüències, en un temps reduït", han apunstado des de la institució investigadora.

   Aplicat a la seqüenciació microbiana, la seqüenciació de cèl·lula única "permet obtenir el codi genètic de bacteris individuals presents en una mostra i informació de les interaccions bacterianes amb plasmidis i bacteriòfags", han assenyalat. Tècnicament, el procés d'identificació de cada cèl·lula (o bacteri) s'aconseguix afegint a la cèl·lula una etiqueta de DNA única.

   Existixen diverses tecnologies, però la que és més accessible en qualsevol laboratori és la tècnica anomenada spint-and-pool barcoding (etiquetatge per divisió i barreja), recentment desenvolupada per l'empresa biotecnològica lituana Atrandi Biosciences. En aquest tipus d'etiquetatge s'afig un conjunt de quatre seqüències o etiquetes diferents en la bancada de laboratori utilitzant una placa de 96 pocillos, sense necessitat de comprar cap equip car, que permetran diferenciar l'ADN provinent de cadascuna d'elles. A estes etiquetes se'ls anomena barcodes.

   "Posteriorment caldrà separar i agrupar les seqüències d'ADN pels seus barcodes i així obtindrem l'ADN seqüenciat de cada cèl·lula individual. En este treball hem col·laborat investigadors de 3 grups diferents de l'I2SysBio, on vam mostrar el nostre programari CleanBar, una eina per a separar les seqüències d'ADN obtingudes atenent als barcodes utilitzats per a identificar cadascuna dels bacteris d'una mostra", ha explicat Vicente Arnau, qui ha afegit que CleanBar és capaç, també, de detectar els barcodes en posicions variables, amb separacions entre ells diferents a les previstes i a més pot predir classificacions errònies, on fallen un o dos dels barcodes.

   Este projecte està finançat pel programa Gen-T de la Generalitat Valenciana (GV), el programa Investigue (GV) i pel Ministeri Español de Ciència, Innovació i Universitats.